L'Église de Saint François d'Assise des frères Mineurs Capucins était à l’origine l’ Église del Monte, une chapelle plongée dans le vert argent des oliviers d’une suggestive colline, hors les murs de la ville, et qui était dédiée à la Madonna. Elle accueillait dans les siècles passés une statue très vénérée de  Notre Dame de Valverde. Le culte mariale de Valverde, remontant aux Aragonais, se répandit dans la Sardaigne septentrionale entre la fin du XIV° et le XV°siècle.

À Alghero, le miraculeux Sanctuaire de Valverde (1635) conserve la précieuse statue de Notre Dame, invoquée sous le titre de Vierge du "Pilar", c’est-à-dire du pilier sous lequel elle fut retrouvée, selon la tradition, cette sculpture en bois du XIV° siècle.

À Sassari les Serviteurs de Marie propagèrent la devotion de la Madonna de Valverde et en 1544 ils édifièrent, autour du petit Oratoire del Monte, le Couvent des Serviteurs de Marie, sur le col de Valverde, avec l'enseigne MS (Marie Servorum), et ils y résidèrent environ un demi siècle, comme le raconte l’historien Fara : « Templum Sanctae Mariae Vallis Viridis Patrum Servorum Mariae Monasterium Extra Muros ».

Sollicités par l'Archevêque espagnol Alfonso de Lorca (1576-1603) et avec la faveur de la Commune, les frères Capucins, - un petit noyau guidé par le père Zefirino de Bergame, avec la charge de Commissaire Général -, s’étaient établis dans le couvent de Saint Antoine Abbé, - Sant'Antonio lu de fogu ou de las Gracias extra muros -, près de l'ancienne porte de Sassari, où les pères "Estavan malcontents y molt espuestos als remors de la poble".

À la fin du XVI° siècle, l'Église et le Couvent des Serviteurs de Marie passèrent au nouvel Ordre Franciscain en échange du couvent Saint Antoine. Ils donnèrent à l’église de la Madonna de Valverde le titre de Saint Gavino de Torres, martyrisé sous Dioclétien en même temps que les saints Proto et Gianuario.

L'échange de Couvents avec les Serviteurs de Marie, fut autorisé par les Autorités Ecclésiastiques et Civiles et fut ratifié par Clément VII en 1597. De la construction du XVI° siècle, il ne reste aujourd'hui que peu d'éléments architecturaux de l’époque des Serviteurs de Marie. Le Sanctuaire et le Couvent furent reconstruits en forme gothique- catalan.

En 1932 de violentes pluies endommageaient la façade et le portique latéral.

Au cours des travaux de restauration on découvrit un Sarcophage romain du III°siècle, dans lequel campe la Croix de Christ, marque de la foi ancienne de Sassari depuis les premiers siècles chrétiens. Le sarcophage fut alors placé dans le mur adjacent à la Sacristie et utilisé comme fontaine dans le couvent. Il montre, dans sa plaque frontale, des nombreux trous d’où jaillissait l'eau.

Avec l'expansion du quartier des « Cappuccini », en 1937, l'Archevêque A. Mazzotti, franciscain, dédia la suggestive et ancienne église de Valverde à Saint François d’Assise, et érigea le sanctuaire en « paroisse Saint François d’Assise des frères Capucins ».